Što treba znati
- Neke PDB datoteke su programske baze podataka.
- Otvorite jedan pomoću uređivača teksta ili programa poput Geneiousa.
- Pretvorite u drugi format s istim programom koji otvara vašu određenu datoteku baze podataka.
Ovaj članak objašnjava što je PDB datoteka, kako je otvoriti i kako je pretvoriti u drugi format.
Što je PDB datoteka?
Datoteka s datotečnim nastavkom PDB najvjerojatnije je datoteka programske baze podataka koja se koristi za čuvanje informacija o otklanjanju pogrešaka o programu ili modulu, poput DLL ili EXE datoteke. Ponekad se nazivaju datoteke simbola.
Datoteka preslikava različite komponente i izjave u izvornom kodu u svoj konačni kompajlirani proizvod, koji program za uklanjanje pogrešaka zatim može koristiti za pronalaženje izvorne datoteke i lokacije u izvršnoj datoteci na kojoj bi trebao zaustaviti proces uklanjanja pogrešaka.
Neke PDB datoteke mogu biti u formatu datoteke Protein Data Bank. Ovo su obične tekstualne datoteke koje pohranjuju koordinate vezane uz strukture proteina.
Druge PDB datoteke mogu se stvoriti u formatu datoteke Palm Database ili PalmDOC i koristiti s mobilnim operativnim sustavom PalmOS; neke datoteke u ovom formatu umjesto toga koriste datotečni nastavak. PRC. Još jedan format koji koristi isto proširenje je Tanida Demo Builder.
Kako otvoriti PDB datoteku
Različiti programi koriste vlastitu PDB datoteku za pohranu podataka u neku vrstu strukturiranog formata baze podataka, tako da se svaka aplikacija koristi za otvaranje vlastite vrste.
Geneious, Quicken, Visual Studio i Pegasus samo su neki od primjera programa koji bi mogli koristiti datoteku kao datoteku baze podataka. Radare i PDBparse također mogu raditi.
Neke PDB datoteke pohranjuju se kao čisti tekst, poput Geneiousovih datoteka baze podataka za otklanjanje pogrešaka programa, i potpuno su čitljive ako se otvore u uređivaču teksta. Ovu vrstu PDB datoteke možete otvoriti bilo kojim programom koji može čitati tekstualne dokumente, poput ugrađenog programa Notepad u sustavu Windows. Neki drugi kompatibilni preglednici i uređivači uključuju Notepad++ i Brackets.
Ostale PDB datoteke nisu tekstualni dokumenti i korisne su samo kada se otvore s programom za koji su namijenjene. Na primjer, ako je vaš na neki način povezan s Quickenom, pokušajte upotrijebiti taj softver za pregled ili uređivanje. Visual Studio očekuje da vidi PDB datoteku u istoj mapi kao i DLL ili EXE datoteka.
Možete pregledavati i uređivati datoteke Protein Data Bank u sustavima Windows, Linux i macOS uz Avogadro. Ovi programi također mogu otvoriti datoteku: Jmol, RasMol, QuickPDB i USCF Chimera. Budući da je riječ o običnom tekstu, možete ga otvoriti i u uređivaču teksta.
Palm Desktop bi trebao moći otvoriti ovu datoteku ako je u formatu datoteke Palm Database, ali ćete je možda prvo morati preimenovati da bi imala ekstenziju datoteke PRC da bi je taj program prepoznao. Kalibar je još jedna opcija.
Za otvaranje PalmDOC PDB datoteke, isprobajte STDU Viewer.
Tanida Demo Builder otvara datoteke u tom formatu.
Kako pretvoriti PDB datoteku
Datoteke baze podataka programa najvjerojatnije se ne mogu pretvoriti u drugi format datoteke, barem ne s običnim alatom za pretvaranje datoteka. Umjesto toga, ako postoji bilo koja aplikacija koja može pretvoriti ovu vrstu datoteke, to bi bio isti program koji je može otvoriti.
Na primjer, ako trebate pretvoriti svoju datoteku baze podataka iz Quickena, pokušajte to učiniti pomoću tog programa. Ova vrsta pretvorbe, međutim, vjerojatno ne samo da je od male koristi, već također nije podržana u ovim aplikacijama baze podataka (tj. vjerojatno ne trebate pretvarati ovu vrstu PDB datoteke u bilo koji drugi format).
Protein Data Bank datoteke mogu se pretvoriti u druge formate pomoću MeshLaba. Da biste to učinili, možda ćete je morati prvo pretvoriti u WRL s PyMOL-om iz File > Spremi sliku kao > VRML izbornik, a zatim uvezite WRL datoteku u MeshLab i upotrijebite Datoteka > Izvezi mrežu kao izbornik da konačno pretvorite PDB datoteku u STL ili neki drugi format datoteke.
Ako ne trebate da model bude u boji, možete eksportirati datoteku izravno u STL s USCF Chimerom (veza za preuzimanje nalazi se iznad). Inače, možete upotrijebiti istu metodu kao gore (s MeshLabom) za pretvaranje PDB-a u WRL s USCF Chimerom, a zatim izvesti WRL u STL s MeshLabom.
Pretvoriti PDB u PDF ili EPUB, ako imate PalmDOC datoteku, moguće je na više načina, no vjerojatno je najlakši korištenje mrežnog pretvarača poput Zamzara. Možete prenijeti svoju datoteku na tu web stranicu kako biste je mogli pretvoriti u te formate kao i u AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT i druge formate datoteka e-knjiga.
Pretvorba jednog u FASTA format može se učiniti s online PDB-om Meiler Lab-a u FASTA pretvarač.
Također je moguće spremiti ovu datoteku u CIF (Crystallographic Information format) online koristeći PDBx/mmCIF.
Još uvijek ne možete otvoriti?
Datoteke koje se ne otvaraju s bilo kojim od gornjih alata vjerojatno zapravo nisu PDB datoteke. Ono što se može dogoditi je da pogrešno čitate ekstenziju datoteke; neki formati koriste sufiks koji je vrlo sličan PDB-u, kada stvarno nisu povezani i ne rade isto.
Na primjer, PDF datoteka je datoteka dokumenta, ali većina gore navedenih programa neće pravilno prikazati tekst i/ili slike ako ih pokušate otvoriti ovim softverskim programima. Isto vrijedi i za druge datoteke sa sličnim datotečnim nastavcima, kao što su DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO i WPD datoteke.
PBD je još jedan koji pripada programu EaseUS Todo Backup i stoga je koristan samo kada se otvori s tim softverom.
Ako nemate PDB datoteku, istražite ekstenziju datoteke koju vaša datoteka ima kako biste mogli pronaći odgovarajući program koji je otvara ili pretvara.
Napredno čitanje PDB datoteka
Možete pročitati puno više o programskim datotekama baze podataka s GitHuba i Wintellecta.
Ima još toga za naučiti o datotekama Protein Data Bank; pogledajte Svjetsku banku podataka o proteinima i RCSB PDB.
Često postavljana pitanja
- Kako to popraviti kada Visual Studio ne može pronaći ili otvoriti PDB datoteke? Ako vidite poruku da Visual Studio ne može pronaći ili otvoriti PDB datoteku, pokušajte koristeći Visual Studio alat za otklanjanje pogrešaka. Idite na Tools > Options > Debugging > Symbols i odaberite Microsoft Symbol Servers
- Kako mogu otvoriti PDB datoteku na Androidu? Za otvaranje PDB datoteke na Androidu, upotrijebite čitač datoteka treće strane. Preuzmite aplikaciju Cool Reader ili bilo koji drugi čitač koji podržava PDB datoteke na Google Playu.
